První zmínku o Kovčíně máme z roku 1551, kdy obec byla součástí zelenohorského panství. Nejstarší známý tvar názvu vsi je "Kozcynie", později "Kozcino", "Kowcžin", Kowtchin. První výraz "Kovčín" pak zůstal v platnosti od roku 1854 až do roku 1925, kdy byl úředně změněn na "Kozčín". Tento název zůstal do roku 1995, kdy se obce vrátila zpátky k tvaru "Kovčín".
Zdejší krajina bývala zřejmě hustě zalesněná. Z nedaleké Šumavy k nám přišlo několik pastevců se stády koz a také s ženami, které je doprovázely. Důvod byl prostý - nalézt dobré pastviny pro svá stáda a vhodné místo pro postavení prostých příbytků. Tito pastevci jsem mohli přijít v první polovině 12. století. Zdejších pár osadníků se živilo pastevectvím. Od toho zřejmě dostala vesnička svůj dřívější název Kozčín.
Dle některých pramenů mohl název obce Kovčín vzniknout podle těžby zlata a cínu z dob cisterciácké ve 12. až 13. století, kdy na nedalekém vrchu "Vráž" (616 m n. m.) na Královkách tento kov dolovali mniši - Kov - cín. Dnes bychom možná nalezli zasypané šachty. Některé by měly být i 12 metrů hluboké. V minulosti se také kolem Kovčína rýžovalo zlato. Ve středověku prý bývávalo na Kovčínském potoce 13 rýžovišť zlata.
Náves obce je stavěna do kruhu. Uprostřed stojí kaplička, která je zasvěcena sv. Janu Nepomuckému. Obec je postavená v údolí s otevřeným výhledem na východní stranu. Východním směrem za železniční zastávkou se nachází velký Kovčínský rybník o rozloze cca 120 ha. Tato překrásná vodní plocha je napájena z Jamského rybníka a mokřadů. Kromě toho jej ještě napájí rybník Buxin. S přicházejícím podzimem se na Kovčínském rybníce koná výlov, ten vždy vychází na sudý rok. Rybník je chráněnou oblastí hnízdiště racka chechtavého.
V současné době je v obci 64 popisných čísel.
V obci je vybudovaná zastávka železniční tratě pro směr Plzeň - České Budějovice. Od roku 2017 má obec vlastní veřejný vodovod.
