Město Bavorov se nachází v jižních Čechách při toku řeky Blanice v Bavorovské pahorkatině v nadmořské výšce 446 m v okrese Strakonice asi 8 km jihozápadně od Vodňan. Leží na křižovatce cest Vodňany - Prachatice, Volyně - Netolice a silnice na Drahonice, Ražice a Písek. Bavorov je východiskem turistické cesty na hrad Helfenburk. Probíhá jím cyklostezka 1074 severně na Bílsko, Ražice a dále na Písek, východně pak na Vodňany.