Jméno obce se odvozuje od slova "Jemníky", což znamená místo, kde se dělaly jámy. Buď šlo o těžbu rud, nebo o jámy na chytání zvěře.
Archeologické nálezy kamenných nástrojů a střepů z nádob. První dochovaná zmínka je z toku 1228, kdy odtud bral desátek ze dvou dvorů klášter řeholnic sv. Jiří v Praze. Později Přemysl Otakar II. daroval Jemníky Ostrovskému klášteru u Davle. Roku 1612 obec trvale získal Jaroslav Bořita z Martinic a připojil je ke Smečnu. Farním obvodem patřily Jemníky k Pcherám.
